截至目前，除国际关系学院尚未更新外，75所教育部直属高校已公布2025年度的部门收支决算。其中，2025年度总经费超过100亿元的共有24所。
其中，清华大学2025年度决算总经费达387.63亿，位居教育部直属高校首位。同时，2025年，清华大学的年度决算收入达到了273.67亿，年度决算支出金额达257.86亿，均领跑全国高校。
决算总收入超300亿的高校还有浙江大学、上海交通大学，其2025年决算总经费分别为361.67亿元、318.05亿元，依次居于第二、第三位。北京大学（282.26亿元）、复旦大学（213.28亿元）、中山大学（202.61亿元）的决算总收入也突破200亿元。
决算经费超过150亿的高校有西安交通大学、东南大学、山东大学、华中科技大学，分别为182.43亿元、161.6亿元、157.45亿元和152.95亿元。
另外，武汉大学、四川大学、同济大学、厦门大学、南京大学、吉林大学、北京科技大学、华南理工大学、中南大学、北京师范大学、天津大学、大连理工大学、中国农业大学、重庆大学等高校决算总收入均超过100亿。
同2024年决算对比，部分高校2025决算有显著的增长。其中北京林业大学2025年决算较2024年决算增长了91.6%；北京科技大学2025年决算增长了61.9%；中国地质大学（北京）2025年决算增长达到43.9%。
北京交通大学、中山大学、东北林业大学、西南交通大学、中国农业大学和北京外国语大学2025决算增幅均超过了20%。
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